Já faz um tempo que existe uma dicussão sobre o nome do arquivo application.rb. O motivo é que como ele corresponde à classe ApplicationController, deveria chamar-se application_controller.rb.

Bom, depois de muita discussão isto foi alterado. Particularmente eu gostei, mas muitos não gostaram do fato de isto sair já para o Rails 2.2 sem um aviso prévio. Veja a discussão sobre isto aqui.

O fato é que se você estiver usando o Edge Rails ou pretende migrar seu projeto para o Rails 2.2, deve alterar o nome deste arquivo manualmente.

Atualização

Eu me enganei sobre esta noticia conforme alertado pelo Renato nos comentários. Tendo de acompanhar dois branchs separados (Edge Rails e Rails 2.2) acabei me confundindo. Na verdade este arquivo só será renomeado na futura versão 2.3/3.0.

Para o Rails 2.2.2, que deve ser a versão final do 2.2, ele continua exatamente da forma como é hoje.

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Todos os exemplos dados aqui funcionarão somente no Ruby on Rails 2.3/3.0 ou superior. Você pode encontrar mais detalhes sobre esta e outras novidades acompanhando a série Edge Rails.