Já faz um tempo que existe uma dicussão sobre o nome do arquivo application.rb. O motivo é que como ele corresponde à classe ApplicationController, deveria chamar-se application_controller.rb.
Bom, depois de muita discussão isto foi alterado. Particularmente eu gostei, mas muitos não gostaram do fato de isto sair já para o Rails 2.2 sem um aviso prévio. Veja a discussão sobre isto aqui.
O fato é que se você estiver usando o Edge Rails ou pretende migrar seu projeto para o Rails 2.2, deve alterar o nome deste arquivo manualmente.
Atualização
Eu me enganei sobre esta noticia conforme alertado pelo
Para o Rails 2.2.2, que deve ser a versão final do 2.2, ele continua exatamente da forma como é hoje.
Todos os exemplos dados aqui funcionarão somente no Ruby on Rails 2.3/3.0 ou superior. Você pode encontrar mais detalhes sobre esta e outras novidades acompanhando a série Edge Rails.
Eu concordo com essa mudança, até porque eu sempre estranhei, já que realmente faz mais sentido o arquivo se chamar application_controller.rb.
Não seria para a versão 2.3/3.0, como está no ChangeLog?